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菁染料是性能优良的荧光标记染料，摩尔吸光系数在荧光染料中是 的，其琥珀酰亚胺酯是最常用的脂肪氨基标记试剂，广泛用于蛋白、抗体、核酸及其他生物分子的标记和检测。
通过改变次甲基链的长度, 可改变其荧光发射波长，每增加一个双键，按照 Huoffman 规则正好红移约 100nm。
菁染料 Cy3 和 Cy5 已成为基因芯片的 荧光标记物; 另外,Cy5, Cy5.5 和 Cy7 的吸收在近红外区背景非常低，是荧光强度 、最稳定的长波长染料。特别适合于活体小动物体内成像代替放射性元素。

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